If you're flying through a Canadian airport and staying in a sterile transit area, or going through US preclearance facilities, you are not considered to be seeking entry into Canada, you're applying to transit. However, if an officer flags you, they can still conduct a full examination even if you're just transiting.
(1)Sous réserve du paragraphe (2), les personnes ci-après sont des personnes qui ne cherchent pas à entrer au Canada mais qui font une demande de transit pour l’application du paragraphe 15(1) de la Loi : a)dans les aéroports où il existe des installations des États-Unis pour procéder au précontrôle des passagers en transit, les passagers en transit bénéficiant d’un précontrôle; b)dans tout aéroport, les passagers venant de tout pays qui transitent par le Canada vers un pays autre que le Canada et qui demeurent dans l’espace de transit isolé.
(2)Toute personne cherchant à sortir d’un espace de transit isolé doit se soumettre immédiatement au contrôle.